Ubuntu 9.10 nie lubi MPI

Po prostu nie działa polecenie mpirun. “Nie działa” to w sumie niedokładne określenie, program uruchamia się, ale potem albo wisi, albo się wywali na funkcji MPI_Init. Nie znalazłem jeszcze rozwiązania, za to znalazłem kilka błagalnych wątków z tym samym problemem. Jeśli ktoś by znał rozwiązanie, niech się nie krępuje, na dole można je wpisać.

A zapomniałem, mpirun pochodzi z pakietu lam-runtime.

12 thoughts on “Ubuntu 9.10 nie lubi MPI

  1. Nie wiem, jak pod Ubuntu, ale ja męczyłem się z MPI LAM (dodatkowo również z TOPSPIN oraz MPICH) w pracowni hulającej pod Fedorą. Wtedy to rozwiązaniem okazała się być poprawna zawartość ~/.bashrc i ~/.profile, ale i system był “dziko” poskładany.

    Rozumiem, że samo startowanie środowiska (lamboot ~/hosty) nie zwraca żadnych błędów?

    [EDIT] Spróbowałem uruchomić mój stary program napisany z wykorzystaniem MPI na moim Ubuntu 9.10 uzbrojonym w MPI LAM. Wywala się przy próbie wykorzystania więcej, niż jednego node. Widzę, że bug wisi już na Launchpadzie. Wygląda na to, że do momentu naprawienia tego lepiej korzystać z MPICH, o ile to możliwe.

    Like

  2. No właśnie nie. Tylko, niewiem, czy wiesz, ale nie mam 10 komputerów podłączonych w sieć, mam tylko jednego kompa na którym bawię się czasem MPI w języku C.

    Like

  3. @Sigvatr: Zakładałem to już na samym początku. Wygląda na to, że masz obecnie trzy rozwiązania pod Ubuntu:

    wymusisz starszą wersję paczki z MPI LAM,
    samodzielnie sobie całość skompilujesz ze źródeł i dodasz odpowiednie wpisy do .bashrc,
    wykorzystasz MPICH z repo.

    Koniecznie chcesz, akurat z tej implementacji MPI korzystać? :]

    Like

  4. @Sigvatr: Nie sprawdzałem pod Ubuntu. Z braku lepszego zajęcia przysiadłem nad tym teraz i widzę, że tak właściwie to znacznie łatwiej byłoby to wszystko postawić ze źródeł i powrzucać odpowiednie ścieżki do zmiennych systemowych ;> Szczególnie, że jak coś się wysypuje to równie dobrze może być problem z SSH (np. brak klucza w authorized_keys), jak i źle ustawione zmienne dla nie-interaktywnego shella. A w przypadku tych paczek to jeszcze może być błąd paczkującego ;}

    Like

  5. Ja też to przed chwilą sprawdziłem (instalację MPICH) i nie działa (znaczy lepiej niż to co miałem wcześniej), a problem leży w tym środowisku, nie w implementacji – na moje oko.

    Like

  6. It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is
    likely to abort. There are many reasons that a parallel process can
    fail during orte_init; some of which are due to configuration or
    environment problems. This failure appears to be an internal failure;
    here’s some additional information (which may only be relevant to an
    Open MPI developer):
    orte_ess_set_name failed
    –> Returned value A system-required executable either could not be found or was not executable by this user (-127) instead of ORTE_SUCCESS

    A uruchamiany program, to zwykły MPI Hello Word.

    Like

  7. Ja wiem, że trochę późno przesyłam odpowiedź, ale ostatnio w ramach pracy musiałem skorzystać z MPICH2 i miałem taki sam problem z “orte”. Rozwiązanie jest proste — trzeba zainstalować:

    openmpi-bin

    Opis problemu znajduje się na bugtrackerze Ubuntu od dłuższego czasu — dotyczy kilku pakietów. Aby było zabawniej, status buga to “won’t fix” :>

    Like

  8. Dla potomnych: nie ma co się bawić pakietami OpenMPI oraz MPICH2 z Ubuntu, bo wygląda na to, że od lat są z nimi problemy. Najlepiej samodzielnie ściągnąć źródła MPICH2, skonfigurować i zainstalować. Zdecydowanie mniej problemów. Szczególnie, że Hydra (obecnie standardowe rozwiązanie) jest przyjaźniejsza, niż MPD.

    PS. Piszę tutaj, bo jesteś Sigvatr stosunkowo wysoko w Googlach 😀

    Like

Comments are closed.